Na Educação Inovadora a configuração física das salas de aula muda radicalmente para se ajustar as novas formas de aprender e ensinar. Não há mais salas de aulas fechadas e com pouca comunicação com outros ambientes. Os espaços passam a ser amplos e compartilhados. Muitas vezes alunos de idades diferentes interagem entre eles em um mesmo projeto. Neste ambiente muda o papel do professor, passando de mero transmissor de conhecimento para um mentor que apoiará seus estudantes a resolver problemas de forma mais criativa. Ele passa também a orientar o aluno a gerir o processo de conhecimento e a buscar as informações de forma mais autônoma. As mesas redondas facilitam o trabalho em grupo e promovem uma interação maior entre as pessoas, as cadeiras são móveis e todo o espaço permite uma circulação entre os grupos.
Esta nova configuração de espaço engloba tipos diferentes de aprendizado ao mesmo tempo, ou seja, o aluno que preferir ouvir música enquanto estuda poderá fazê-lo com o uso de headphones, outros poderão conversar entre eles, alguns que preferirem silêncio poderão usar um headphone que cancela os ruídos,… Isso mostra como todo o processo de aprendizado será mais personalizado, com mini-espaços dentro de um ambiente maior, respeitando as necessidades e habilidades de cada um e ao mesmo tempo facilitando a interação entre os estudantes.